Tengo problemas para guardar datos en una relación "muchos a muchos".

Aquí están mis modelos:

 var CoursePeople = bookshelf.Model.extend({
     tableName: 'course_people'
 });

 var Course = bookshelf.Model.extend({
     tableName: 'course',
     users: function(){
         return this.belongsToMany(User);
     }
 });

 var City = bookshelf.Model.extend({
     tableName: 'city',
     users: function(){
         return this.hasMany(User);
     }
 });

 var User = bookshelf.Model.extend({
   tableName: 'people',
   city: function(){
     return this.belongsTo(City);
   },
   courses: function(){
     return this.belongsToMany(Course);
   }
 });

El desafío es, ¿cómo insertar las ID que obtengo en la matriz de la tabla de unión en mi base de datos (llamada "course_people")?

Aquí está mi código hasta ahora:

 app.post('/users/', function(req, res) {
         console.log(req.body);
     var courses_ids = req.body.courses_ids; //array of ids
     delete req.body.courses_ids;
     new User(req.body).save().then(function(user){
         console.log(user.id);
         //How to store the ids in the junction table?

     }).catch(function(error){
         console.log(error);
     });
 });

¡Gracias nuevamente por su tiempo y sugerencias!