Encontré algunas otras preguntas, pero no encontré una explicación de lo que causa esto. Escribí una función en Java para cifrar datos, almacenarlos en un archivo y descifrarlo cargando el archivo nuevamente. Como se trata de un cifrado asimétrico, tengo una clave pública y una clave privada que se almacena directamente en el código para fines de prueba.

El problema parece ser una diferencia en el cifrado en sí, ya que la función funciona en Android, así como en una máquina Windows con Java RE 7 instalado. Pero no es posible encriptar los datos de Android en el sistema JRE7 usando la misma clave y función con el resultado "mala expresión de relleno".

Para fines de prueba, solo uso un solo bloque de datos. Como en / decrypt funciona en cada sistema, estoy seguro de que el problema no es la clave. La versión final codificará y decodificará datos binarios, por lo que solo uso bytes y no tengo que preocuparme por los diferentes conjuntos de caracteres en Strings. Después de entender cuál es la razón, decodificaré los datos en PHP con pureRSA.

import java.io.DataInputStream;
import java.io.FileInputStream;
import java.io.DataOutputStream;
import java.io.FileOutputStream;
import android.util.Base64;
import java.math.BigInteger;
import java.security.InvalidAlgorithmParameterException;
import javax.crypto.Cipher;
import java.security.KeyFactory;
import java.security.spec.RSAPublicKeySpec;
import java.security.spec.PKCS8EncodedKeySpec;
import java.security.interfaces.RSAPrivateKey;
import java.security.interfaces.RSAPublicKey;
import java.security.NoSuchAlgorithmException;
import java.security.NoSuchProviderException;
import java.security.spec.InvalidKeySpecException;
import javax.crypto.NoSuchPaddingException;
import java.security.InvalidKeyException;
import javax.crypto.IllegalBlockSizeException;
import javax.crypto.BadPaddingException;
import javax.crypto.ShortBufferException;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.io.UnsupportedEncodingException;
import java.io.IOException;

public class test
{
    public static void main (String args[]) throws FileNotFoundException, FileNotFoundException,
            UnsupportedEncodingException, IOException, NoSuchAlgorithmException, InvalidKeySpecException,
            NoSuchPaddingException, InvalidKeyException, IllegalBlockSizeException, BadPaddingException,
            ShortBufferException, NoSuchProviderException, InvalidAlgorithmParameterException {

        Cipher CheckCipher = Cipher.getInstance("RSA");
        KeyFactory fact = KeyFactory.getInstance("RSA");
// one Block has 320 Bytes encrypted data or up to 309 Bytes decrypted data
        byte[] encryptedBuffer = new byte[320];
// public key
        RSAPublicKeySpec pubKeySpec = new RSAPublicKeySpec(new BigInteger("348349717397217997016459044429876445798461822630613593827475516398929980499253048018915109820386668925158598090923917424889721436728681941788735398708226655486687058044818981687475046995966049152458371358433593409946449307673641432434645409125209056679079565878576322466469782078766479519331465759437687570449909733209874455595086928288016285095448723528960074392901021635076277130066403766286870175583368291319265676733584876043054873738027872260931903992491855282040202055048433338277681906526276056353076551640420301024861314931536846223479281788109044598118149113100016473709709779349227018363507068247312704031804719673776595496482605126340630418742698424978233098157782472641000027452801691972881854034867234891280067908910242015420737297077922221753325197819914227"), new BigInteger("65537"));
        RSAPublicKey publicKey = (RSAPublicKey) fact.generatePublic(pubKeySpec);
// private key
        byte[] encoded = Base64.decode("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", Base64.DEFAULT);
        PKCS8EncodedKeySpec privateKeySpec = new PKCS8EncodedKeySpec(encoded);
        RSAPrivateKey debugprivateKey = (RSAPrivateKey) fact.generatePrivate(privateKeySpec);

// selftest (encrypt data)
        String OutPutEncryption = "debug.exponent.javatest2.txt";
        CheckCipher.init(Cipher.ENCRYPT_MODE, publicKey);
        DataOutputStream cryptFile = new DataOutputStream(new FileOutputStream(OutPutEncryption));
        byte[] decryptedBuffer = new byte[] {100, 110, 112, 99, 64}; // some data 5 bytes
        CheckCipher.doFinal(decryptedBuffer, 0, 5, encryptedBuffer);
        cryptFile.write(encryptedBuffer);
        cryptFile.close();

// decrypt data from selftext or external source
        String SourceFile = "debug.exponent.javatest2.txt";
        CheckCipher.init(Cipher.DECRYPT_MODE, debugprivateKey);
        DataInputStream readCryptFileDeb = new DataInputStream(new FileInputStream(SourceFile));
        readCryptFileDeb.read(encryptedBuffer);
        readCryptFileDeb.close();
        byte[] Test = CheckCipher.doFinal(encryptedBuffer);
        System.out.println(new String(Test));
    }
}