He definido una instancia deSharedPreferences que se usa en el modo multiproceso.

public class Prefs {

    private static SharedPreferences prefs;
    private static SharedPreferences.Editor editor;

    private static void init(Context context) {

        prefs = context.getSharedPreferences("alaki",
                Context.MODE_MULTI_PROCESS);
        editor = prefs.edit();
    }

// static methods to set and get preferences
}

Ahora estoy usando esta clase en un servicio con proceso separado y también en mi proceso de aplicación principal de forma estática.
¡Todo va bien, pero a veces se eliminan todos los datos almacenados en la instancia de SharedPreferences!
¿Como puedó resolver esté problema?

Editar: Finalmente resolví mi problema usando IPC.