Bash, Linux, necesita eliminar líneas de un archivo basándose en el contenido coincidente de otro archivo

Hay muchos ejemplos sobre cómo eliminar líneas en un archivo cuando esa misma línea existe en otro archivo. Los he leído y todos se eliminan si la línea completa coincide. Ejemplos como:grep -vxF -f file1 file2

Lo que tengo es ligeramente diferente. Tengo una lista de URL de mis sitios web y los sitios web de mis clientes. Quiero eliminar líneas de ese archivo cuando el dominio coincida con un dominio en otro archivo.

Así que el primer archivo podría verse como:

http://www.site1.com/some/path
http://www.site2.com/some/path
http://www.site3.com/some/path
http://www.site4.com/some/path

El segundo archivo podría ser:

site2.com
www.site4.com

Me gustaría que la salida fuera:

http://www.site1.com/some/path
http://www.site3.com/some/path

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