Una aplicación persiste en el campo Guid en Mongo y termina siendo almacenada como BinData:

"_id" : new BinData(3, "WBAc3FDBDU+Zh/cBQFPc3Q==")

La ventaja en este caso es la compacidad, la desventaja aparece cuando uno necesita solucionar problemas de la aplicación. Las guías se pasan a través de las URL, y transformarlas constantemente a BinData cuando se accede a la consola Mongo es un poco doloroso.

¿Qué inconvenientes tiene almacenar Guid como cadena además de aumentar su tamaño? Una ventaja es la facilidad de resolución de problemas:

"_id" : "3c901cac-5b90-4a09-896c-00e4779a9199"

Aquí hay un prototipo de una entidad persistente en C #:

class Thing
{
    [BsonIgnore]
    public Guid Id { get; set; }

    [BsonId]
    public string DontUseInAppMongoId
    {
        get { return Id.ToString(); }
        set { Id = Guid.Parse(value); }
    }
}