Actualicé XCode 5 a 6 para probar mis proyectos en el iPhone 6 y 6 Plus y recibí bloqueos crípticos al inicio:

'*** -[__NSArrayM objectAtIndex:]: index 4 beyond bounds [0 .. 3]'
*** First throw call stack:
(
    0   CoreFoundation                      0x000000010569b3f5 __exceptionPreprocess + 165
    1   libobjc.A.dylib                     0x0000000104b20bb7 objc_exception_throw + 45
    2   CoreFoundation                      0x00000001055864d3 -[__NSArrayM objectAtIndex:] + 227
    3   UIKit                               0x00000001028164e1 _UIViewTopDownSubtreeTraversal + 193
    4   UIKit                               0x0000000102e43286 -[UIView(UIConstraintBasedLayout_EngineDelegate) _invalidateSystemLayoutSizeFittingSizeAtEngineDelegateLevel] + 128
    5   Foundation                          0x0000000103aa66df -[NSISEngine tryToAddConstraintWithMarker:expression:integralizationAdjustment:mutuallyExclusiveConstraints:] + 915
    6   Foundation                          0x0000000103c2f678 -[NSLayoutConstraint _addLoweredExpression:toEngine:integralizationAdjustment:lastLoweredConstantWasRounded:mutuallyExclusiveConstraints:] + 275
    7   Foundation                          0x0000000103a9ae3a -[NSLayoutConstraint _addToEngine:integralizationAdjustment:mutuallyExclusiveConstraints:] + 220
    8   UIKit                               0x0000000102e40495 __57-[UIView(AdditionalLayoutSupport) _switchToLayoutEngine:]_block_invoke_2 + 474
    9   Foundation                          0x0000000103aa8a8e -[NSISEngine withBehaviors:performModifications:] + 155
    10  UIKit                               0x0000000102e4029b __57-[UIView(AdditionalLayoutSupport) 

Después de MUCHA prueba y error y de probar varias XIB en varias configuraciones, el problema se produjo porque estaba mezclando algunas XIB con el Diseño automático activado, que contenía otras UIViews (basadas en XIB) con AutoLayout desactivado.

Desactivar AutoLayout para todos mis XIB resolvió el problema.