Tengo dos referencias a un ensamblado de SQLite, uno para 32 bits y otro para 64 bits, que se ve así (este es un proyecto de prueba para tratar de deshacerse de la advertencia, no se cuelgue en las rutas) :

<Reference Condition=" '$(Platform)' == 'x64' " Include="System.Data.SQLite, Version=1.0.61.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=db937bc2d44ff139, processorArchitecture=AMD64">
  <SpecificVersion>True</SpecificVersion>
  <HintPath>..\..\LVK Libraries\SQLite3\version_1.0.65.0\64-bit\System.Data.SQLite.DLL</HintPath>
</Reference>
<Reference Condition=" '$(Platform)' == 'x86' " Include="System.Data.SQLite, Version=1.0.65.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=db937bc2d44ff139, processorArchitecture=x86">
  <SpecificVersion>True</SpecificVersion>
  <HintPath>..\..\LVK Libraries\SQLite3\version_1.0.65.0\32-bit\System.Data.SQLite.DLL</HintPath>
</Reference>

Esto produce la siguiente advertencia:

Warning 1 The referenced component 'System.Data.SQLite' could not be found.     

¿Es posible que me deshaga de esta advertencia?

Una forma en que lo he visto es simplemente configurar mi proyecto para que sea de 32 bits cuando desarrolle, y dejar que la máquina de compilación solucione la referencia al compilar para 64 bits, pero esto parece un poco incómodo y probablemente propenso a errores.

¿Alguna otra opción?

La razón por la que quiero deshacerme de él es que la advertencia aparentemente está siendo recogida por TeamCity y marcada periódicamente como algo que necesito analizar, por lo que me gustaría deshacerme de ella por completo.

Editar: Según la respuesta, probé esto:

<PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Debug|x86' ">
    ...
    <SqlitePath>..\..\LVK Libraries\SQLite3\version_1.0.65.0\32-bit</SqlitePath>
</PropertyGroup>
<PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Release|x86' ">
    ...
    <SqlitePath>..\..\LVK Libraries\SQLite3\version_1.0.65.0\32-bit</SqlitePath>
</PropertyGroup>
<PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Debug|x64' ">
    ...
    <SqlitePath>..\..\LVK Libraries\SQLite3\version_1.0.65.0\64-bit</SqlitePath>
</PropertyGroup>
<PropertyGroup Condition=" '$(Configuration)|$(Platform)' == 'Release|x64' ">
    ...
    <SqlitePath>..\..\LVK Libraries\SQLite3\version_1.0.65.0\64-bit</SqlitePath>
</PropertyGroup>

y luego en mi referencia:

<Reference Include="System.Data.SQLite">
    <SpecificVersion>False</SpecificVersion>
    <HintPath>$(SqlitePath)\System.Data.SQLite.DLL</HintPath>
</Reference>

Esto eliminó la advertencia, pero ¿es correcta?