Estoy luchando por obtener la combinación correcta de una expresión XPath y la especificación del espacio de nombres como lo requiere el paqueteXML (argumentonamespaces) para un documento XML que tiene un explícitoxmlns espacio de nombres definido en el elemento superior.

ACTUALIZAR

Gracias a har07 pude armarlo:

Una vez que consulta los espacios de nombres, la primera entrada dens aún no tiene nombre y ese es el problema:

nsDefs <- xmlNamespaceDefinitions(doc)
ns <- structure(sapply(nsDefs, function(x) x$uri), names = names(nsDefs))

> ns
                                             omegahat                          r 
    "http://something.org"  "http://www.omegahat.org" "http://www.r-project.org" 

Entonces asignaremos un nombre que sirve como prefijo (puede ser cualquier nombre R válido):

names(ns)[1] <- "xmlns"

Ahora todo lo que tenemos que hacer es usar ese prefijo de espacio de nombres predeterminadoen todos lados en nuestras expresiones XPath:

getNodeSet(doc, "/xmlns:doc//xmlns:b[@omegahat:status='foo']", ns)

Para aquellos interesados en soluciones alternativas basadas enname() ynamespace-uri() (entre otros) podría encontraresta publicación servicial.

Solo como referencia: este fue el código de prueba y error antes de llegar a la solución:

Considere el ejemplo de?xmlParse:

require("XML")

doc <- xmlParse(system.file("exampleData", "tagnames.xml", package = "XML"))

> doc
<?xml version="1.0"?>
<doc>
  <!-- A comment -->
  <a xmlns:omegahat="http://www.omegahat.org" xmlns:r="http://www.r-project.org">
    <b>
      <c>
        <b/>
      </c>
    </b>
    <b omegahat:status="foo">
      <r:d>
        <a status="xyz"/>
        <a/>
        <a status="1"/>
      </r:d>
    </b>
  </a>
</doc>
nsDefs <- xmlNamespaceDefinitions(getNodeSet(doc, "/doc/a")[[1]])
ns <- structure(sapply(nsDefs, function(x) x$uri), names = names(nsDefs))
getNodeSet(doc, "/doc//b[@omegahat:status='foo']", ns)[[1]]

En mi documento, sin embargo, los espacios de nombres ya están definidos en<doc> etiqueta, así que adapté el código XML de ejemplo en consecuencia:

xml_source <- c(
  "<?xml version=\"1.0\"?>",
  "<doc xmlns:omegahat=\"http://www.omegahat.org\" xmlns:r=\"http://www.r-project.org\">",
  "<!-- A comment -->",
  "<a>",
  "<b>",
  "<c>",
  "<b/>",
  "</c>",
  "</b>",
  "<b omegahat:status=\"foo\">",
  "<r:d>",
  "<a status=\"xyz\"/>",
  "<a/>",
  "<a status=\"1\"/>",
  "</r:d>",
  "</b>",
  "</a>",
  "</doc>"
)
write(xml_source, file="exampleData_2.xml")  
doc <- xmlParse("exampleData_2.xml")
nsDefs <- xmlNamespaceDefinitions(doc)
ns <- structure(sapply(nsDefs, function(x) x$uri), names = names(nsDefs))    
getNodeSet(doc, "/doc", namespaces = ns)
getNodeSet(doc, "/doc//b[@omegahat:status='foo']", namespaces = ns)[[1]]  

Todo sigue funcionando bien. Sin embargo, lo que es más, es que mi código XML también tiene una definición explícita del espacio de nombres predeterminado (xmlns):

xml_source <- c(
  "<?xml version=\"1.0\"?>",
  "<doc xmlns=\"http://something.org\" xmlns:omegahat=\"http://www.omegahat.org\" xmlns:r=\"http://www.r-project.org\">",
  "<!-- A comment -->",
  "<a>",
  "<b>",
  "<c>",
  "<b/>",
  "</c>",
  "</b>",
  "<b omegahat:status=\"foo\">",
  "<r:d>",
  "<a status=\"xyz\"/>",
  "<a/>",
  "<a status=\"1\"/>",
  "</r:d>",
  "</b>",
  "</a>",
  "</doc>"  
)
write(xml_source, file="exampleData_3.xml")  
doc <- xmlParse("exampleData_3.xml")
nsDefs <- xmlNamespaceDefinitions(doc)
ns <- structure(sapply(nsDefs, function(x) x$uri), names = names(nsDefs))

Lo que solía funcionar falla ahora:

> getNodeSet(doc, "/doc", namespaces = ns)
list()
attr(,"class")
[1] "XMLNodeSet"
Warning message:
using http://something.org as prefix for default namespace http://something.org 

> getNodeSet(doc, "/xmlns:doc", namespaces = ns)
XPath error : Undefined namespace prefix
XPath error : Invalid expression
Error in xpathApply.XMLInternalDocument(doc, path, fun, ..., namespaces = namespaces,  : 
  error evaluating xpath expression /xmlns:doc
In addition: Warning message:
using http://something.org as prefix for default namespace http://something.org 
getNodeSet(doc, "/xmlns:doc", 
  namespaces = matchNamespaces(doc, namespaces="xmlns", nsDefs = nsDefs)
)

Esto parece acercarme más:

> getNodeSet(doc, "/xmlns:doc",
+ namespaces = matchNamespaces(doc, namespaces="xmlns", nsDefs = nsDefs)
+ )[[1]]
<doc xmlns="http://something.org" xmlns:omegahat="http://www.omegahat.org" xmlns:r="http://www.r-project.org">
  <!-- A comment -->
  <a>
    <b>
      <c>
        <b/>
      </c>
    </b>
    <b omegahat:status="foo">
      <r:d>
        <a status="xyz"/>
        <a/>
        <a status="1"/>
      </r:d>
    </b>
  </a>
</doc> 

attr(,"class")
[1] "XMLNodeSet"

Sin embargo, ahora no sé cómo proceder para llegar a los nodos hijos:

> getNodeSet(doc, "/xmlns:doc//b[@omegahat:status='foo']", ns)[[1]]
XPath error : Undefined namespace prefix
XPath error : Invalid expression
Error in xpathApply.XMLInternalDocument(doc, path, fun, ..., namespaces = namespaces,  : 
  error evaluating xpath expression /xmlns:doc//b[@omegahat:status='foo']
In addition: Warning message:
using http://something.org as prefix for default namespace http://something.org 

> getNodeSet(doc, "/xmlns:doc//b[@omegahat:status='foo']",
+ namespaces = c(
+ matchNamespaces(doc, namespaces="xmlns", nsDefs = nsDefs),
+ matchNamespaces(doc, namespaces="omegahat", nsDefs = nsDefs)
+ )
+ )
list()
attr(,"class")
[1] "XMLNodeSet"