Sé cómo configurar esto para el sitio web de IIS siguiendo el comando:

Set-WebConfigurationProperty -filter "/system.webServer/security/authentication/windowsAuthentication" -name enabled -value true -PSPath "IIS:\" -location $siteName

Pero quiero configurarlo para las aplicaciones dentro de ese sitio web. Por ejemplo, tengo el sitio web de IIS llamado "MySite" y dentro de eso, hay dos aplicaciones. Quiero habilitar la autenticación de Windows para uno y no para el otro. Entonces, habilitar a nivel de sitio estará habilitado para ambos y eso es lo que no quiero.