Al usar las funciones R para manipular archivos en Windows, p.dir(), aquellos con caracteres no ingleses, como cirílico, se presentan como una secuencia de "?".

Del mismo modo, cuando se usafile.rename(), si el nuevo nombre contiene caracteres que no están en inglés, el archivo se renombra con caracteres ilegibles, aparentemente asignando una codificación diferente.

Hay varias funciones relacionadas con la codificación del contenido del archivo, pero ¿cómo podemos tratar con los nombres de los archivos?

Para reproducir el problema:
Fuera de R, cree el archivo "привет.txt" en el directorio de trabajo; entonces en R:

dir() 
# [1] "??????.txt"      
# ...

Tenga en cuenta que la configuración:

Sys.setlocale(category = "LC_ALL", locale="Russian")

no ayuda

Nota: Estoy usando R 3.1.2 para Windows, bajo Windows 8.1en inglés y en las consolas de Windows (cmd.exe) Veo los nombres cirílicos correctamente.