Tengo un problema al usar jQuery con JavaScript nativo (NO prototype.js). Cuando utilice el siguiente código, jQuery 1.9.1 con un mensaje de error:

Object.prototype.myVeryGreatFunction = function() {
    // ...
}

[Error] TypeError: undefined is not a function (evaluating 'U[a].exec(s)')
ft (jquery.min.js, line 4)
wt (jquery.min.js, line 4)
st (jquery.min.js, line 4)
find (jquery.min.js, line 4)
init (jquery.min.js, line 3)
b (jquery.min.js, line 3)
(anonymous function) (read.control.js, line 59)
c (jquery.min.js, line 3)
fireWith (jquery.min.js, line 3)
ready (jquery.min.js, line 3)
H (jquery.min.js, line 3)

Cuando elimino la definición del prototipo, todo funciona muy bien. Desafortunadamente, no puedo actualizar fácilmente jQuery porque está en un complemento para un CMS, por lo que tiene que funcionar con versiones antiguas por razones de compatibilidad.

¿Hay algún problema conocido con eso o una solución para eso?

Google realmente me muestra soluciones como usarjQuery.noConflict() y envoltura de funciones privadas. Pero como se mencionó anteriormente, no estoy usando prototype.js, peronativo Creación de prototipos de objetos JS.