Este es mi archivo de muestra

#%cty_id1,#%ccy_id2,#%cty_src,#%cty_cd3,#%cty_nm4,#%cty_reg5,#%cty_natnl6,#%cty_bus7,#%cty_data8
690,ALL2,,AL,ALBALODMNIA,,,,
90,ALL2,,,AQ,AKNTARLDKCTICA,,,
161,IDR2,,AZ,AZLKFMERBALFKIJAN,,,,
252,LTL2,,BJ,BENLFMIN,,,,
206,CVE2,,BL,SAILFKNT BAFSDRTHLEMY,,,,
360,,,BW2,BOPSLFTSWLSOANA,,,,

El problema es para#%cty_cd3 es unstandard column(NOT NULL) con solo 2 letras de longitud, pero en el servidor SQL el registro se desplaza a la otra columna, (debido a una coma adicional en BTW), ¿cómo validar un archivo CSV para asegurar que cuando hay una palabra de 2 caracteres solo tenga que estar en 4 columnas?

Hay alrededor de 10000 registros?

Conjunto de reglas definidas!

Should have a standard set of delimiters for eachrow
 if not
   Check for NOT NULL values having Null values
     If found Null
       remove delimiter at the pointer

Los 3,,, no se sustituyen por 2,,

# ACTUALIZADO: ¿Puedo saber si esto se puede hacer usando un script?

Actualizada necesito solo una función que opera en registros como

90,ALL2,,,AQ,AKNTARLDKCTICA,,, corríjalos usando Regex o cualquier otro método y vuelva a colocarlos en el archivo fuente.