Tengo un archivo con más de 40.000 líneas (archivo1) y quiero extraer las líneas que coinciden con los patrones en el archivo2 (aproximadamente 6000 líneas). Yo uso grep de esta manera, pero es muy lento:grep -f file2 file1 > out

¿Hay una manera más rápida de hacer esto usandoawk osed?

Aquí hay algunos extractos de mis archivos:

File1:
scitn003869.2| scign003869 CGCATGTGTGCATGTATTATCGTATCCCTTG
scitn007747.1| scign007747  CACGCAGACGCAGTGGAGCATTCCAGGTCACAA
scitn003155.1| scign003155  TAAAAATCGTTAGCACTCGCTTGGTACACTAAC
scitn018252.1| scign018252  CGTGTGTGTGCATATGTGTGCATGCGTG
scitn004671.2| scign004671  TCCTCAGGTTTTGAAAGGCAGGGTAAGTGCT

File2:
scign000003
scign000004
scign000005
scign004671
scign000013

`