Recibo el siguiente mensaje de compilación:

[javac]   ... error: incompatible types
[javac]         exceptionClassHolder = new Holder<>( (new Exception()).getClass() );
[javac]                                ^
[javac]   required: Holder<Class<? extends Exception>>
[javac]   found:    Holder<Class<CAP#1>>
[javac]   where CAP#1 is a fresh type-variable:
[javac]     CAP#1 extends Exception from capture of ? extends Exception
[javac] 1 error

Me parece que, de acuerdo con el mensaje, todo debe ser correcto.CAP#1 de hecho se extiende la excepción. Entonces, ¿cómo debe entenderse el mensaje anterior? SSCCE a continuación (inicialmente no publicado ya que esperaba entender el mensaje de error en el caso general):

class Holder<T> {
    public T t;
    public Holder(T t) {
       this.t = t;
    }
}

public class FooMain {
    public static void main(String args[]) throws Exception {
        Holder<Class<? extends Exception>> exceptionClassHolder;
        exceptionClassHolder = new Holder<>( (new Exception()).getClass() );
    }
}