He modificado esta pregunta de pila:Aplicación de marcas de agua en archivos pdf cuando los usuarios intentan descargar los archivos pero encontré un error, aunque hubo un comentario que dice cómo solucionarlo, no fue lo suficientemente detallado.

Aquí está el código:

<code>require_once('fpdf/fpdf.php');
require_once('fpdi/fpdi.php');

class WaterMark

{
    public $pdf, $file, $newFile,
        $wmText = "STACKOVERFLOW";

/** $file and $newFile have to include the full path. */
public function __construct($file, $newFile)
{
    $this->pdf = new FPDI();
    $this->file = $file;
    $this->newFile = $newFile;
}

/** $file and $newFile have to include the full path. */
public static function applyAndSpit($file, $newFile)
{
    $wm = new WaterMark($file, $newFile);

    if($wm->isWaterMarked())
        return $wm->spitWaterMarked();
    else{
        $wm->doWaterMark();
        return $wm->spitWaterMarked();
    }
}

/** @todo Make the text nicer and add to all pages */
public function doWaterMark()
{
    $currentFile = $this->file;
    $newFile = $this->newFile;

    $this->pdf->addPage();
    $pagecount = $this->pdf->setSourceFile($currentFile);

    for($i = 1; $i <= $pagecount; $i++){
        $tplidx = $this->pdf->importPage($i);
        $this->pdf->useTemplate($tplidx, 10, 10, 100);
        // now write some text above the imported page
        $this->pdf->SetFont('Arial', 'I', 40);
        $this->pdf->SetTextColor(255,0,0);
        $this->pdf->SetXY(25, 135);
        $this->_rotate(55);
        $this->pdf->Write(0, $this->wmText);
    }

    $this->pdf->Output($newFile, 'F');
}

public function isWaterMarked()
{
    return (file_exists($this->newFile));
}

public function spitWaterMarked()
{
    return readfile($this->newFile);
}

protected function _rotate($angle,$x=-1,$y=-1) {

    if($x==-1)
        $x=$this->pdf->x;
    if($y==-1)
        $y=$this->pdf->y;
    if($this->pdf->angle!=0)
        $this->pdf->_out('Q');
    $this->pdf->angle=$angle;

    if($angle!=0){
        $angle*=M_PI/180;
        $c=cos($angle);
        $s=sin($angle);
        $cx=$x*$this->pdf->k;
        $cy=($this->pdf->h-$y)*$this->pdf->k;

        $this->pdf->_out(sprintf(
            'q %.5f %.5f %.5f %.5f %.2f %.2f cm 1 0 0 1 %.2f %.2f cm',
            $c,$s,-$s,$c,$cx,$cy,-$cx,-$cy));
    }
    } 

}
header('Content-type: application/pdf');
//header('Content-Disposition: attachment; filename="downloaded.pdf"');
WaterMark::applyAndSpit('C:\xampp\htdocs\tst\test0.pdf','C:\xampp\htdocs\tst\output0.pdf');
</code>

Cuando cargo un pdf que tiene más de 2, todas las páginas se fusionan en una sola página. Adjunto la imagen en este post.

Gracias.