Primero hago un archivo R_D1.jrxml en iReport 5.1.0.

Mi código Java para ejecutar el informe se ve así:

import java.sql.Connection;
import java.sql.DriverManager;
import java.sql.SQLException;
import java.util.HashMap;
import net.sf.jasperreports.engine.JRException;
import net.sf.jasperreports.engine.JasperFillManager;

public class DbReportFill{

  Connection con;
  public void generateReport() {
    try {
      Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
      Connection con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost:3306/sentiment","root", "abcd");
      System.out.println("Filling report...");
      JasperFillManager.fillReportToFile("/home/abcd/report/R_D1.jrxml",new HashMap<String, Object> (), con);
      System.out.println("Done!");
      con.close();
    } catch (JRException e) {
      e.printStackTrace();
    } catch (ClassNotFoundException e) {
      e.printStackTrace();
    } catch (SQLException e) {
      e.printStackTrace();
    }
  }

  public static void main(String[] args) {
    new DbReportFill().generateReport();
  }

}

Cuando ejecuto la clase obtengo la siguiente excepción:

Filling report...
net.sf.jasperreports.engine.JRException: Error loading object from file : /home/abcd/report/R_D1.jrxml  
at net.sf.jasperreports.engine.util.JRLoader.loadObject(JRLoader.java:127)  
at net.sf.jasperreports.engine.util.JRLoader.loadObject(JRLoader.java:99)   
at net.sf.jasperreports.engine.JasperFillManager.fillToFile(JasperFillManager.java:117) 
at net.sf.jasperreports.engine.JasperFillManager.fillReportToFile(JasperFillManager.java:666)
at DbReportFill.generateReport(DbReportFill.java:24)    
at DbReportFill.main(DbReportFill.java:56)
Caused by: java.io.StreamCorruptedException: invalid stream header: 3C3F786D    
at java.io.ObjectInputStream.readStreamHeader(ObjectInputStream.java:802)   
at java.io.ObjectInputStream.<init>(ObjectInputStream.java:299) 
at net.sf.jasperreports.engine.util.ContextClassLoaderObjectInputStream.<init>(ContextClassLoaderObjectInputStream.java:58)
at net.sf.jasperreports.engine.util.JRLoader.loadObject(JRLoader.java:122)
... 5 more

No estoy seguro de lo que estoy haciendo mal o de lo que significa esta excepción.