Documentación de primavera aquíhttp://docs.spring.io/spring-data/data-jpa/docs/current/reference/html/repositories.html#repositories.custom-implementations da un ejemplo para agregar funcionalidades personalizadas a todos los repositorios o a un solo repositorio, no a ambos.

Supongamos que quiero agregar algunas funciones personalizadas a todos los repositorios (usando Custom Repository Factory Bean) y algunas otras solo a un solo repositorio (docs dice que debe usar una interfaz personalizada y una aplicación personalizada); ¿Cómo puedo conseguir esto?

Algún código de ejemplo donde agregué el método "setCurrentTenansInSession" a todos los repositorios; ahora quiero agregar un método personalizado, por ejemplo, "newCustomMethod", en un solo repositorio (es un MyJpaRepository, como para mi fábrica de repositorios personalizados). ¿Cómo hago esto?

Interfaz de comportamiento personalizado:

@NoRepositoryBean
public interface MyJpaRepository<T, ID extends Serializable> extends JpaRepository<T, ID> { 
    public void setCurrentTenantInSession(Object object);       
}

Implementación de comportamiento personalizado:

public class MultiTenantSimpleJpaRepository<T, ID extends Serializable> extends SimpleJpaRepository<T, ID> implements MyJpaRepository<T, ID> {
    public void setCurrentTenantInSession(Object object) {
        //custom impl
    }
}

Repositorio personalizado de bean de fábrica:

public class MultiTenantJpaRepositoryFactoryBean<T extends Repository<S, ID>, S, ID extends Serializable> extends JpaRepositoryFactoryBean<T, S, ID> {

    @Override
    protected RepositoryFactorySupport createRepositoryFactory(EntityManager entityManager) {
        return new MultiTenantJpaRepositoryFactory(entityManager);
    }
}

Y finalmente la fábrica de repositorios personalizados:

public class MultiTenantJpaRepositoryFactory extends JpaRepositoryFactory {
    public MultiTenantJpaRepositoryFactory(EntityManager entityManager) {
        super(entityManager);
    }

    @Override
    protected JpaRepository<?, ?> getTargetRepository(RepositoryMetadata metadata, EntityManager entityManager) {
        final JpaEntityInformation<?, Serializable> entityInformation = getEntityInformation(metadata.getDomainType());

        final SimpleJpaRepository<?, ?> repo = new MultiTenantSimpleJpaRepository(entityInformation, entityManager);

        repo.setLockMetadataProvider(LockModeRepositoryPostProcessor.INSTANCE.getLockMetadataProvider());
        return repo;
    }

    @Override
    protected Class<?> getRepositoryBaseClass(RepositoryMetadata metadata) {
        return MultiTenantSimpleJpaRepository.class;
    }
}