He escuchado de mis colegas en más de una ocasión que se "aconseja" no hacer el control de versión de su código desde el IDE donde lo escribe. Los he visto desarrollarse en eclipse, intelliJ, etc. pero haciendo controles de versión (en mi escenario actual - GIT) desde la línea de comandos o clientes independientes en lugar de usar los complementos correspondientes disponibles para el IDE.

Aunque he utilizado los complementos de control de versión en Eclipse y nunca he encontrado ningún problema, me gustaría saber cuál es la norma general y por qué.