Etiqueta y color dendrograma foliar.
Estoy intentando crear un dendrograma, donde mis muestras tienen 5 códigos de grupo (actúan como nombre de muestra / especie / etc. pero es repetitivo).
Por lo tanto, tengo dos problemas que una ayuda será grande:
¿Cómo puedo mostrar los códigos de grupo en la etiqueta de la hoja (en lugar del número de muestra)?
Deseo asignar un color a cada grupo de códigos y colorear la etiqueta de la hoja de acuerdo a esto (puede suceder que no estén en el mismo clado y, de este modo, puedo encontrar más información).
¿Es posible hacerlo con mi script para hacerlo (ape o ggdendro):
sample<-read.table("C:/.../DOutput.txt", header=F, sep="")
groupCodes <- sample[,1]
sample2<-sample[,2:100]
d <- dist(sample2, method = "euclidean")
fit <- hclust(d, method="ward")
plot(as.phylo(fit), type="fan")
ggdendrogram(fit, theme_dendro=FALSE)
Un marco de datos aleatorio para reemplazar mi tabla de lectura:
sample = data.frame(matrix(floor(abs(rnorm(20000)*100)),ncol=200))
groupCodes <- c(rep("A",25), rep("B",25), rep("C",25), rep("D",25)) # fixed error
sample2 <- data.frame(cbind(groupCodes), sample)