Ich versuche, ein Dendrogramm zu erstellen, wenn meine Proben 5 Gruppencodes haben (als Probenname / Art / usw. fungieren, aber es wiederholt sich).

Daher habe ich zwei Probleme, die eine Hilfe großartig machen:

Wie kann ich die Gruppencodes in der Blattbeschriftung anzeigen (anstelle der Probennummer)?

Ich möchte jeder Codegruppe eine Farbe zuweisen und das Blattetikett entsprechend einfärben (kann es vorkommen, dass sie nicht zur selben Gruppe gehören und ich dadurch weitere Informationen finde)?

Kann ich das mit meinem Skript (ape oder ggdendro) machen:

sample<-read.table("C:/.../DOutput.txt", header=F, sep="")
groupCodes <- sample[,1]
sample2<-sample[,2:100] 
d <- dist(sample2, method = "euclidean")  
fit <- hclust(d, method="ward")
plot(as.phylo(fit), type="fan") 
ggdendrogram(fit, theme_dendro=FALSE)  

Ein zufälliger Datenrahmen, der meine read.table ersetzt:

sample = data.frame(matrix(floor(abs(rnorm(20000)*100)),ncol=200))
groupCodes <- c(rep("A",25), rep("B",25), rep("C",25), rep("D",25)) # fixed error
sample2 <- data.frame(cbind(groupCodes), sample)