Apreciaría mucho si un alma amable pudiera decirme cómo hacer esto en R:

Dada una matriz cuadrada con columnas y filas duplicadas, como

       1     1     2     2     2     2     3
1  0.000 0.000 0.048 0.048 0.048 0.048 0.059
1  0.000 0.000 0.048 0.048 0.048 0.048 0.059
2  0.048 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.059
2  0.048 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.059
2  0.048 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.059
2  0.048 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.059
3  0.059 0.059 0.059 0.059 0.059 0.059 0.000

donde los mismos nombres de columna y fila designan duplicados, debo tener nombres de fila y fila únicos, a la vez que mantengo un registro de las columnas / filas originales y duplicadas. Es decir, algo como

        1    1a     2    2a    2b    2c     3
1   0.000 0.000 0.048 0.048 0.048 0.048 0.059
1a  0.000 0.000 0.048 0.048 0.048 0.048 0.059
2   0.048 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.059
2a  0.048 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.059
2b  0.048 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.059
2c  0.048 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.059
3   0.059 0.059 0.059 0.059 0.059 0.059 0.000

Gracias por adelantado