ruta dinámica en aplicación java

Quiero especificar el camino dinámicamente. myapp / CopyFolder y myapp / RunFolder están dentro de aplicaciones como myapp / WEB-INF. El código que he dado a continuación está en el archivo .java (en eclipse) y en el archivo .class (en Tomcat dentro demyapp/WEB-INF/classname/packagename/). Mi despliegue es en tomcat.

 try {
        functionNamesObject.Integration(
                ".txt",
                path+"\\CopyFolder",
                path+"\\RunFolder",
                "app.exe",
                "Input.txt"
        );

Quiero que el camino sea dinámico cuando llamo a la función anterior. Lo intenté congetResource("MyClass.class") ,new File("").getAbsolutePath(); ySystem.getProperty("user.dir") pero no sirve de nada. ¿Hay alguna otra manera?

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