Cómo eliminar una línea de un archivo de texto usando el número de línea en python

Aquí hay un ejemplo de archivo de texto.

the bird flew
the dog barked
the cat meowed

Aquí está mi código para encontrar el número de línea de la frase que quiero eliminar

phrase = 'the dog barked'

with open(filename) as myFile:
    for num, line in enumerate(myFile, 1):
        if phrase in line:
            print 'found at line:', num

¿Qué puedo agregar a esto para poder eliminar el número de línea (número) que he intentado?

lines = myFile.readlines()
del line[num]

pero esto no funciona, ¿cómo debo abordar esto?

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