¿Cómo colocar grobs con annotation_custom () en áreas precisas de la región de la parcela?
Estoy tratando de reproducir la siguiente trama [base R] conggplot2
He manejado la mayor parte de esto, pero lo que actualmente me desconcierta es la ubicación de los segmentos de línea que unen la parcela de alfombras marginal a la derecha de la parcela con la etiqueta correspondiente. Las etiquetas han sido dibujadas (en la segunda figura abajo) a través deanotation_custom() y he usado el truco de @ baptiste de desactivar el recorte para permitir dibujar en el margen de la trama.
A pesar de muchos intentos no puedo colocarsegmentGrobs() en las ubicaciones deseadas en el dispositivo, de modo que se unan a la marca y la etiqueta de alfombra correctas.
Un ejemplo reproducible es
y <- data.frame(matrix(runif(30*10), ncol = 10))
names(y) <- paste0("spp", 1:10)
treat <- gl(3, 10)
time <- factor(rep(1:10, 3))
require(vegan); require(grid); require(reshape2); require(ggplot2)
mod <- prc(y, treat, time)
Si no tienesvegano instalado, adjunto undput del objeto fortificado al final de la Cuestión y unafortify() método si desea ejecutar el ejemplo yfortify() para trazar útil conggplot(). También incluyo una función algo larga,myPlt(), que ilustra lo que he trabajado hasta ahora, que se puede usar en el conjunto de datos de ejemplo si tiene los paquetes cargados y puede crearmod.
He probado bastantes opciones, pero parece que me estoy moviendo en la oscuridad al colocar los segmentos de línea correctamente.
No estoy buscando una solución al problema específico de trazar las etiquetas / segmentos para el conjunto de datos de ejemplo, sino una solución genérica que puedo usar para colocar segmentos y etiquetas de manera programática, ya que esto formará la base de unaautoplot() metodo para objetos declass(mod). Tengo las etiquetas funcionando bien, pero no los segmentos de línea. Así que a las preguntas:
xmin, xmax, ymin, ymax argumentos utilizados cuando quiero colocar un grob de segmento que contiene una línea que se ejecuta desde la coordenada de datosx0, y0 ax1, y1?Tal vez preguntado de otra manera, ¿cómo se usa?annotation_custom() dibujar segmentosfuera de la región de la parcela entre datos conocidos coordsx0, y0 ax1, y1?Me encantaría recibir Respuestas que simplemente tenían una trama antigua en la región de la parcela, pero mostraban cómo agregar segmentos de línea entre coordenadas conocidasen el margen de la parcela.
No estoy casado con el uso deannotation_custom() así que si hay una mejor solución disponible, lo consideraría también. Yo quieroevitar tener las etiquetas en la región de la trama sin embargo; Creo que puedo lograr eso usandoannotate() y extendiendo los límites del eje x en la escala a través de laexpand argumento.
fortify() métodofortify.prc <- function(model, data, scaling = 3, axis = 1,
...) {
s <- summary(model, scaling = scaling, axis = axis)
b <- t(coef(s))
rs <- rownames(b)
cs <- colnames(b)
res <- melt(b)
names(res) <- c("Time", "Treatment", "Response")
n <- length(s$sp)
sampLab <- paste(res$Treatment, res$Time, sep = "-")
res <- rbind(res, cbind(Time = rep(NA, n),
Treatment = rep(NA, n),
Response = s$sp))
res$Score <- factor(c(rep("Sample", prod(dim(b))),
rep("Species", n)))
res$Label <- c(sampLab, names(s$sp))
res
}
dput()Esta es la salida defortify.prc(mod):
structure(list(Time = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 1, 2,
3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA,
NA), Treatment = c(2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3,
3, 3, 3, 3, 3, 3, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), Response = c(0.775222658013234,
-0.0374860102875694, 0.100620532505619, 0.17475403767196, -0.736181209242918,
1.18581913245908, -0.235457236665258, -0.494834646295896, -0.22096700738071,
-0.00852429328460645, 0.102286976108412, -0.116035743892094,
0.01054849999509, 0.429857364190398, -0.29619258318138, 0.394303081010858,
-0.456401545475929, 0.391960511587087, -0.218177702859661, -0.174814586471715,
0.424769871360028, -0.0771395073436865, 0.698662414019584, 0.695676522106077,
-0.31659375422071, -0.584947748238806, -0.523065304477453, -0.19259357510277,
-0.0786143714402391, -0.313283220381509), Score = structure(c(1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("Sample",
"Species"), class = "factor"), Label = c("2-1", "2-2", "2-3",
"2-4", "2-5", "2-6", "2-7", "2-8", "2-9", "2-10", "3-1", "3-2",
"3-3", "3-4", "3-5", "3-6", "3-7", "3-8", "3-9", "3-10", "spp1",
"spp2", "spp3", "spp4", "spp5", "spp6", "spp7", "spp8", "spp9",
"spp10")), .Names = c("Time", "Treatment", "Response", "Score",
"Label"), row.names = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8",
"9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16", "17", "18", "19",
"20", "spp1", "spp2", "spp3", "spp4", "spp5", "spp6", "spp7",
"spp8", "spp9", "spp10"), class = "data.frame")
myPlt <- function(x, air = 1.1) {
## fortify PRC model
fx <- fortify(x)
## samples and species scores
sampScr <- fx[fx$Score == "Sample", ]
sppScr <- fx[fx$Score != "Sample", ]
ord <- order(sppScr$Response)
sppScr <- sppScr[ord, ]
## base plot
plt <- ggplot(data = sampScr,
aes(x = Time, y = Response,
colour = Treatment, group = Treatment),
subset = Score == "Sample")
plt <- plt + geom_line() + # add lines
geom_rug(sides = "r", data = sppScr) ## add rug
## species labels
sppLab <- sppScr[, "Label"]
## label grobs
tg <- lapply(sppLab, textGrob, just = "left")
## label grob widths
wd <- sapply(tg, function(x) convertWidth(grobWidth(x), "cm",
valueOnly = TRUE))
mwd <- max(wd) ## largest label
## add some space to the margin, move legend etc
plt <- plt +
theme(plot.margin = unit(c(0, mwd + 1, 0, 0), "cm"),
legend.position = "top",
legend.direction = "horizontal",
legend.key.width = unit(0.1, "npc"))
## annotate locations
## - Xloc = new x coord for label
## - Xloc2 = location at edge of plot region where rug ticks met plot box
Xloc <- max(fx$Time, na.rm = TRUE) +
(2 * (0.04 * diff(range(fx$Time, na.rm = TRUE))))
Xloc2 <- max(fx$Time, na.rm = TRUE) +
(0.04 * diff(range(fx$Time, na.rm = TRUE)))
## Yloc - where to position the labels in y coordinates
yran <- max(sampScr$Response, na.rm = TRUE) -
min(sampScr$Response, na.rm = TRUE)
## This is taken from vegan:::linestack
## attempting to space the labels out in the y-axis direction
ht <- 2 * (air * (sapply(sppLab,
function(x) convertHeight(stringHeight(x),
"npc", valueOnly = TRUE)) *
yran))
n <- length(sppLab)
pos <- numeric(n)
mid <- (n + 1) %/% 2
pos[mid] <- sppScr$Response[mid]
if (n > 1) {
for (i in (mid + 1):n) {
pos[i] <- max(sppScr$Response[i], pos[i - 1] + ht[i])
}
}
if (n > 2) {
for (i in (mid - 1):1) {
pos[i] <- min(sppScr$Response[i], pos[i + 1] - ht[i])
}
}
## pos now contains the y-axis locations for the labels, spread out
## Loop over label and add textGrob and segmentsGrob for each one
for (i in seq_along(wd)) {
plt <- plt + annotation_custom(tg[[i]],
xmin = Xloc,
xmax = Xloc,
ymin = pos[i],
ymax = pos[i])
seg <- segmentsGrob(Xloc2, pos[i], Xloc, pos[i])
## here is problem - what to use for ymin, ymax, xmin, xmax??
plt <- plt + annotation_custom(seg,
## xmin = Xloc2,
## xmax = Xloc,
## ymin = pos[i],
## ymax = pos[i])
xmin = Xloc2,
xmax = Xloc,
ymin = min(pos[i], sppScr$Response[i]),
ymax = max(pos[i], sppScr$Response[i]))
}
## Build the plot
p2 <- ggplot_gtable(ggplot_build(plt))
## turn off clipping
p2$layout$clip[p2$layout$name=="panel"] <- "off"
## draw plot
grid.draw(p2)
}
myPlt()Esto es todo lo que he hecho conmyPlt() desde arriba. Tenga en cuenta las pequeñas marcas horizontales dibujadas a través de las etiquetas: estos deben ser los segmentos de línea en ángulo en la primera figura de arriba.