Я пытаюсь воспроизвести следующий сюжет [base R] сggplot2

Я справился с большинством из этого, но в настоящее время меня сбивает с толку расположение сегментов линии, которые соединяют участок краевого ковра справа от графика с соответствующей меткой. Этикетки были нарисованы (на втором рисунке ниже) черезanotation_custom() и я использовал трюк @ baptiste по отключению отсечения, чтобы рисовать на полях графика.

Несмотря на множество попыток я не могу разместитьsegmentGrobs() в нужных местах устройства, чтобы они соединялись с правильными галочками и метками.

Воспроизводимый пример

y <- data.frame(matrix(runif(30*10), ncol = 10))
names(y) <- paste0("spp", 1:10)
treat <- gl(3, 10)
time <- factor(rep(1:10, 3))

require(vegan); require(grid); require(reshape2); require(ggplot2)
mod <- prc(y, treat, time)

Если у вас нетвегетарианский установлен, я добавляюdput укрепленного объекта в конце Вопроса иfortify() метод, если вы хотите запустить пример иfortify() для удобного построения сggplot(), Я также включаю несколько длинную функцию,myPlt(), это иллюстрирует то, над чем я работаю до сих пор, что можно использовать в примере набора данных, если у вас есть загруженные пакеты и вы можете создатьmod.

Я испробовал довольно много вариантов, но теперь, кажется, колеблюсь в темноте при правильном размещении отрезков.

Я не ищу решения конкретной проблемы нанесения меток / сегментов для примера набора данных, а имею в виду общее решение, которое я могу использовать для программного размещения сегментов и меток, поскольку это послужит основой дляautoplot() метод для объектовclass(mod), У меня метки проработаны нормально, только не отрезки. Итак, к вопросам:

Какxmin, <, code> xmax,ymin, ymax аргументы, используемые, когда я хочу разместить сегментный гроб, содержащий строку, идущую из координат данныхx0, y0 вx1, y1?Возможно, спросил другой способ, как вы используетеannotation_custom() рисовать сегментыснаружи область графика между известными координатами данныхx0, y0 вx1, y1?

Я был бы рад получить ответы, которые просто имели какой-либо старый график в области графика, но показали, как добавить отрезки между известными координатами.на полях сюжета.

Я не предан использованиюannotation_custom() так что, если есть лучшее решение, я бы тоже об этом подумал. Я хочуизбежать имея метки в области графика, хотя; Я думаю, что могу добиться этого с помощьюannotate() и расширение пределов оси X в масштабе черезexpand аргумент.

fortify() метод

fortify.prc <- function(model, data, scaling = 3, axis = 1,
                        ...) {
    s <- summary(model, scaling = scaling, axis = axis)
    b <- t(coef(s))
    rs <- rownames(b)
    cs <- colnames(b)
    res <- melt(b)
    names(res) <- c("Time", "Treatment", "Response")
    n <- length(s$sp)
    sampLab <- paste(res$Treatment, res$Time, sep = "-")
    res <- rbind(res, cbind(Time = rep(NA, n),
                            Treatment = rep(NA, n),
                            Response = s$sp))
    res$Score <- factor(c(rep("Sample", prod(dim(b))),
                          rep("Species", n)))
    res$Label <- c(sampLab, names(s$sp))
    res
}

dput()

Это выход изfortify.prc(mod):

structure(list(Time = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 1, 2, 
3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, 
NA), Treatment = c(2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 
3, 3, 3, 3, 3, 3, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), Response = c(0.775222658013234, 
-0.0374860102875694, 0.100620532505619, 0.17475403767196, -0.736181209242918, 
1.18581913245908, -0.235457236665258, -0.494834646295896, -0.22096700738071, 
-0.00852429328460645, 0.102286976108412, -0.116035743892094, 
0.01054849999509, 0.429857364190398, -0.29619258318138, 0.394303081010858, 
-0.456401545475929, 0.391960511587087, -0.218177702859661, -0.174814586471715, 
0.424769871360028, -0.0771395073436865, 0.698662414019584, 0.695676522106077, 
-0.31659375422071, -0.584947748238806, -0.523065304477453, -0.19259357510277, 
-0.0786143714402391, -0.313283220381509), Score = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("Sample", 
"Species"), class = "factor"), Label = c("2-1", "2-2", "2-3", 
"2-4", "2-5", "2-6", "2-7", "2-8", "2-9", "2-10", "3-1", "3-2", 
"3-3", "3-4", "3-5", "3-6", "3-7", "3-8", "3-9", "3-10", "spp1", 
"spp2", "spp3", "spp4", "spp5", "spp6", "spp7", "spp8", "spp9", 
"spp10")), .Names = c("Time", "Treatment", "Response", "Score", 
"Label"), row.names = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", 
"9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16", "17", "18", "19", 
"20", "spp1", "spp2", "spp3", "spp4", "spp5", "spp6", "spp7", 
"spp8", "spp9", "spp10"), class = "data.frame")

Что я пробовал:

myPlt <- function(x, air = 1.1) {
    ## fortify PRC model
    fx <- fortify(x)
    ## samples and species scores
    sampScr <- fx[fx$Score == "Sample", ]
    sppScr <- fx[fx$Score != "Sample", ]
    ord <- order(sppScr$Response)
    sppScr <- sppScr[ord, ]
    ## base plot
    plt <- ggplot(data = sampScr,
                  aes(x = Time, y = Response,
                      colour = Treatment, group = Treatment),
                  subset = Score == "Sample")
    plt <- plt + geom_line() + # add lines
            geom_rug(sides = "r", data = sppScr) ## add rug
    ## species labels
    sppLab <- sppScr[, "Label"]
    ## label grobs
    tg <- lapply(sppLab, textGrob, just = "left")
    ## label grob widths
    wd <- sapply(tg, function(x) convertWidth(grobWidth(x), "cm",
                                              valueOnly = TRUE))
    mwd <- max(wd) ## largest label

    ## add some space to the margin, move legend etc
    plt <- plt +
        theme(plot.margin = unit(c(0, mwd + 1, 0, 0), "cm"),
              legend.position = "top",
              legend.direction = "horizontal",
              legend.key.width = unit(0.1, "npc"))
    ## annotate locations
    ##  - Xloc = new x coord for label
    ##  - Xloc2 = location at edge of plot region where rug ticks met plot box
    Xloc <- max(fx$Time, na.rm = TRUE) +
        (2 * (0.04 * diff(range(fx$Time, na.rm = TRUE))))
    Xloc2 <- max(fx$Time, na.rm = TRUE) +
        (0.04 * diff(range(fx$Time, na.rm = TRUE)))
    ## Yloc - where to position the labels in y coordinates
    yran <- max(sampScr$Response, na.rm = TRUE) -
        min(sampScr$Response, na.rm = TRUE)
    ## This is taken from vegan:::linestack
    ## attempting to space the labels out in the y-axis direction
    ht <- 2 * (air * (sapply(sppLab,
                        function(x) convertHeight(stringHeight(x),
                                                  "npc", valueOnly = TRUE)) *
                 yran))
    n <- length(sppLab)
    pos <- numeric(n)
    mid <- (n + 1) %/% 2
    pos[mid] <- sppScr$Response[mid]
    if (n > 1) {
        for (i in (mid + 1):n) {
            pos[i] <- max(sppScr$Response[i], pos[i - 1] + ht[i])
        }
    }
    if (n > 2) {
        for (i in (mid - 1):1) {
            pos[i] <- min(sppScr$Response[i], pos[i + 1] - ht[i])
        }
    }
    ## pos now contains the y-axis locations for the labels, spread out

    ## Loop over label and add textGrob and segmentsGrob for each one
    for (i in seq_along(wd)) {
        plt <- plt + annotation_custom(tg[[i]],
                                       xmin = Xloc,
                                       xmax = Xloc,
                                       ymin = pos[i],
                                       ymax = pos[i])
        seg <- segmentsGrob(Xloc2, pos[i], Xloc, pos[i])

        ## here is problem - what to use for ymin, ymax, xmin, xmax??
        plt <- plt + annotation_custom(seg,
                                       ## xmin = Xloc2,
                                       ## xmax = Xloc,
                                       ## ymin = pos[i],
                                       ## ymax = pos[i])
                                       xmin = Xloc2,
                                       xmax = Xloc,
                                       ymin = min(pos[i], sppScr$Response[i]),
                                       ymax = max(pos[i], sppScr$Response[i]))
    }
    ## Build the plot
    p2 <- ggplot_gtable(ggplot_build(plt))
    ## turn off clipping
    p2$layout$clip[p2$layout$name=="panel"] <- "off"
    ## draw plot
    grid.draw(p2)
}

Рисунок основан на том, что я пытался вmyPlt()

Это насколько я сделал это сmyPlt() сверху. Обратите внимание на небольшие горизонтальные отметки, проведенные через метки - это должны быть угловые отрезки на первом рисунке выше.