En el documento de Java dice parasetMouseTransparent Eso afecta a todos los niños así como a los padres.

¿Cómo se puede hacer para que solo las áreas transparentes de los padres (pueden ver otros nodos debajo pero no responden a los eventos del mouse) sean transparentes a los eventos del mouse para que los nodos debajo de ellos puedan recibirlos?

Esto sucede cuando se apilan dos XYCharts en el mismo panel. Solo el último agregado puede recibir eventos.