Tengo un archivo con una lista de números (hágalo usted mismo:for x in $(seq 10000); do echo $x; done > file).

$> R -q -e "x <- read.csv('file', header=F); summary(x);"

> x <- read.csv('file', header=F); summary(x);
       V1       
 Min.   :    1  
 1st Qu.: 2501  
 Median : 5000  
 Mean   : 5000  
 3rd Qu.: 7500  
 Max.   :10000  
gt; R -q -e "x <- read.csv('file', header=F); summary(x);"

> x <- read.csv('file', header=F); summary(x);
       V1       
 Min.   :    1  
 1st Qu.: 2501  
 Median : 5000  
 Mean   : 5000  
 3rd Qu.: 7500  
 Max.   :10000  

Ahora, uno podría esperarcatIngresando el archivo y leyendo de/dev/stdin tener la misma salida, pero no lo hace:

$> cat file | R -q -e "x <- read.csv('/dev/stdin', header=F); summary(x);"
> x <- read.csv('/dev/stdin', header=F); summary(x);
       V1       
 Min.   :    1  
 1st Qu.: 3281  
 Median : 5520  
 Mean   : 5520  
 3rd Qu.: 7760  
 Max.   :10000 
gt; cat file | R -q -e "x <- read.csv('/dev/stdin', header=F); summary(x);"
> x <- read.csv('/dev/stdin', header=F); summary(x);
       V1       
 Min.   :    1  
 1st Qu.: 3281  
 Median : 5520  
 Mean   : 5520  
 3rd Qu.: 7760  
 Max.   :10000 

Utilizandotable(x) muestra que se saltaron un montón de líneas:

    1  1042  1043  1044  1045  1046  1047  1048  1049  1050  1051  1052  1053 
    1     1     1     1     1     1     1     1     1     1     1     1     1 
 1054  1055  1056  1057  1058  1059  1060  1061  1062  1063  1064  1065  1066 
    1     1     1     1     1     1     1     1     1     1     1     1     1
 ...

Parece que R está haciendo algo divertido constdin, ya que este Python imprimirá correctamente todas las líneas en el archivo:

cat file | python -c 'with open("/dev/stdin") as f: print f.read()'

Esta pregunta parece relacionado, pero se trata más de saltar líneas en un archivo CSV con formato incorrecto, mientras que mi entrada es solo una lista de números.