Handler hnd = new Handler() {

    @Override
    public void handleMessage(Message msg) {

        int id = sequence.get(msg.arg1);

        if(msg.arg1 % 2 == 0) {
            sq.get(id-1).setBackgroundResource(R.drawable.square_show);
        } else {
            sq.get(id-1).setBackgroundResource(R.drawable.square);
        }
    }
};

@Override
public void onResume() {
    super.onResume();

    Thread background = new Thread(new Runnable() {
        public void run() {
            try {
                for(int i = 0; i < sequence.size()-1; i++) {
                    record_tv.setText(""+i);
                    Thread.sleep(200);
                    Message msg = hnd.obtainMessage();
                    msg.arg1 = i;
                    msg.sendToTarget();
                }
            } catch(Throwable t) {

            }
        }
    });

    background.start();
}

[CÓDIGO ACTUALIZADO] ahora pasa por el primer bucle y se detiene

¿Tiene alguna idea de por qué se ejecuta el código en el primer runOnUiThread pero no hace lo que quiero?

lo que quiero es: cambiar la imagen a "cuadrada", esperar 2 segundos, cambiar la imagen a "square_show", esperar 2 segundos y repetir el bucle

He estado luchando por una hora ahora ...