Estructura HDF5 con matriz de punteros
Estoy intentando escribir un archivo HDF5 con una estructura que contiene un int y un float *
typedef struct s1_t {
int a;
float *b;
} s1_t;
Sin embargo, al asignar el flotante * y ponerle valores, aún no puedo generar los datos en mi archivo hdf5. Creo que esto se debe a que la función de escritura supone que el tipo de datos compuestos es contiguo cuando una matriz asignada dinámicamente no lo será. ¿Hay alguna manera de evitar este problema utilizando una matriz de punteros?
/*
* This example shows how to create a compound data type with an array member,
* and write an array which has the compound data type to the file.
*/
#include "stdio.h"
#include "stdlib.h"
#include "hdf5.h"
#define FILE "DSwith_array_member.h5"
#define DATASETNAME "ArrayOfStructures"
#define LENGTH 10
#define RANK 1
#define ARRAY_RANK 1
#define ARRAY_DIM 3
int
main(void)
{
/* First structure and dataset*/
typedef struct s1_t {
int a;
//float b[ARRAY_DIM];
float *b;
} s1_t;
s1_t s1[LENGTH];
hid_t s1_tid; /* File datatype identifier */
hid_t array_tid; /* Array datatype handle */
hid_t file, dataset, space; /* Handles */
herr_t status;
hsize_t dim[] = {LENGTH}; /* Dataspace dimensions */
hsize_t array_dim[] = {ARRAY_DIM}; /* Array dimensions */
int i, j;
/*
* Initialize the data
*/
for (i = 0; i< LENGTH; i++) {
s1[i].a = i;
s1[i].b = (float*)calloc(ARRAY_DIM, sizeof(float));
for (j = 0; j < ARRAY_DIM; j++) {
s1[i].b[j] = i+j;
}
}
/*
* Create the data space.
*/
space = H5Screate_simple(RANK, dim, NULL);
/*
* Create the file.
*/
file = H5Fcreate(FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
/*
* Create the array data type.
*/
array_tid = H5Tarray_create(H5T_NATIVE_FLOAT, ARRAY_RANK, array_dim);
/*
* Create the memory data type.
*/
s1_tid = H5Tcreate (H5T_COMPOUND, sizeof(s1_t));
H5Tinsert(s1_tid, "a_name", HOFFSET(s1_t, a), H5T_NATIVE_INT);
H5Tinsert(s1_tid, "b_name", HOFFSET(s1_t, b), array_tid);
/*
* Create the dataset.
*/
dataset = H5Dcreate(file, DATASETNAME, s1_tid, space, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT);
/*
* Wtite data to the dataset;
*/
status = H5Dwrite(dataset, s1_tid, H5S_ALL, H5S_ALL, H5P_DEFAULT, s1);
/*
* Release resources
*/
H5Tclose(s1_tid);
H5Tclose(array_tid);
H5Sclose(space);
H5Dclose(dataset);
H5Fclose(file);
return 0;
}