Eliminando ConnectionString cuando se implementa con Visual Studio 2012

Estoy trabajando en un proyecto con 2 aplicaciones web, una de ellas alojada como un proceso de larga ejecución (con appfabric), la otra es solo una aplicación MVC normal. Comparten el mismo datacontext, por lo tanto la misma connectionString. La aplicación appfabric se implementa como una aplicación secundaria de main, aprovechando la herencia web.config (no queremos que la cadena de conexión se duplique en la configuración web)

Mi problema es que con el nuevo asistente para la publicación de Visual Studio 2012, las cadenas de conexión se agregan automáticamente, incluso cuando desactivo la casilla "Usar esta cadena de conexión en tiempo de ejecución".

También trato de usar la transformación de configuración web de esta manera:

  <connectionStrings>
      <add xdt:Transform="RemoveAll" />
  </connectionStrings>

Pero la cadena de conexión todavía está en mi configuración web después de la publicación.

Alguna sugerencia ? Estoy pensando en eliminar por completo la configuración web para esa aplicación secundaria, pero no es lo ideal.

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