No soy bueno en jQuery, así que no estoy seguro de si mis suposiciones son correctas.

Estoy utilizando el complemento de isótopos, con el que quiero insertar elementos uno por uno (y no todo a la vez) con un ligero retraso para que se vea igual (para el ojo humano)

Para insertar un elemento con isótopo utilizo

$('#container').isotope( 'insert', $item);

Así que para insertar uno por uno estoy haciendo

$("#items_are_here").find('.item').each(function( index ) {
     setTimeout(function() {
            $('#container').isotope( 'insert', $(this));
         },3000);
    });

Sin embargo, esto parece que el navegador espera algo y luego los muestra todos a la vez.

Si lo hago

  setTimeout(function() {
   $("#items_are_here").find('.item').each(function( index ) {
          $('#container').isotope( 'insert', $(this));

        }); },3000);

Todo funciona, pero no uno por uno.

¿Es esta la manera correcta de hacer esto? ¿O lo estoy complicando demasiado?

aquí estáviolín. En él, hay 2 buttosn - insertar todo - que encuentra todos.item y los inserta. E inserte uno por uno que haga el camino propuesto con retraso. Como puedes ver, no hay demora.