Eclipse: el uso de la codificación UTF-8 en el editor de texto hace que las cadenas no funcionen correctamente, ¿cómo puedo solucionarlo?

Tengo algunos comentarios en griego en el código y cuando ingreso una letra griega dice "Sálvanos UTF-8"

Luego, si lo hago y vuelvo a ejecutar el programa, las cadenas mostradas anteriormente no funcionarán correctamente.

Por ejemplo, estoy trabajando en un algoritmo de cifrado (Des simplificado) y esto es lo que obtengo con la codificación Cp1252 en el editor de texto como salida:

ÅO [áa[aá»j×jt
INFO BOB 57674

La primera línea es la versión encriptada y la segunda es la versión desencriptada. Esto es lo que obtengo cuando cambio la codificación a UTF-8.

�O [�a[a�j�jt
���NFO���BOB���7���74

No entiendo lo que está pasando aquí, nunca había visto algo así antes. ¿Alguien me puede ayudar? Gracias de antemano

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