He estado usando Knitr a través de R-Studio, y creo que está bastante limpio. Aunque tengo un problema menor. Cuando obtengo un archivo en un R-Chunk, la salida de knitr incluye comentarios externos de la siguiente manera:

+ FALSE Loading required package: ggplot2
+ FALSE Loading required package: gridExtra
+ FALSE Loading required package: grid
+ FALSE Loading required package: VGAM
+ FALSE Loading required package: splines
+ FALSE Loading required package: stats4
+ FALSE Attaching package: 'VGAM'
+ FALSE The following object(s) are masked from 'package:stats4':

He intentado configurar las opciones de R-chunk de varias maneras, pero aun así no he podido evitar el problema:

```{r echo=FALSE, cache=FALSE, results=FALSE, warning=FALSE, comment=FALSE, warning=FALSE} 
source("C:/Rscripts/source.R");

```

¿Hay alguna manera de comentar estos mensajes?