Básicamente, lo que estoy tratando de lograr es que los caracteres árabes hagan mal uso del resaltador.

Para que sea más fácil de entender, intentaré explicar una funcionalidad similar, pero para el inglés.

Imagine una cadena con mayúsculas incorrectas, y se requiere que la reescriba correctamente, de modo que el usuario vuelva a escribir la cadena en un cuadro de entrada y envíe, el js verifica si alguna char no se corrigió y luego muestra la cadena completa con esas letras. Corregido y resaltado en rojo;

es decir [prueba ] se convierte en [Test ]

Para hacerlo, estaba revisando esos caracteres, y si se detectaba un carácter defectuoso, se rodeaba con un tramo para colorearse en rojo.

Hasta ahora todo bien, ahora, cuando intento replicar esto para el idioma árabe, el carácter defectuoso se separa de la palabra y se vuelve ilegible.

Manifestación: jsfiddle

function check1() {
  englishanswer.innerHTML = englishWord.value.replace(/t/, '<span style="color:red">T</span>');
}

function check2() {
  arabicanswer.innerHTML =
    arabicWord.value.replace(/\u0647/, '<span style="color:red">' +
      unescape("%u0629") + '</span>') +
    '<br>' + arabicWord.value.replace(/\u0647/, unescape('%u0629'));
}

fieldset {
  border: 2px groove threedface;
  border-image: initial;
  width: 75%;
}
input {
  padding: 5px;
  margin: 5px;
  font-size: 1.25em;
}
p {
  padding: 5px;
  font-size: 2em;
}

<fieldset>
  <legend>English:</legend>
  <input id='englishWord' value='test' />
  <input type='submit' value='Check' onclick='check1()' />
  <p id='englishanswer'></p>
</fieldset>

<fieldset style="direction:rtl">
  <legend>عربي</legend>
  <input id='arabicWord' value='بطله' />
  <input type='submit' value='Check' onclick='check2()' />
  <p id='arabicanswer'></p>
</fieldset>

Tenga en cuenta que al probar la palabra árabe, el carácter de separación [primera vista previa] se separa del resto de la palabra, mientras que el carácter [no se incluye en la segunda vista] aparece normalmente.

Edición: Vista previa para el problema [Chrome UA]