La pregunta tiene dos partes, una de las cuales ya tengo la respuesta.

Cómo eliminar automáticamente los espacios en blanco finalesde todo el archivo que se está editando? -> Respuesta: usa elPlugin de AnyEdit, que se puede configurar para hacer eso en cualquier guardado en el archivo.Cómo eliminar automáticamente los espacios en blanco finalessolo de las líneas que cambié? -> Esto no lo sé y agradecería cualquier ayuda.