He estado teniendo problemas con esto tanto en netbeans como en eclipse, incluso con un archivo simple que muestra un jframe con un jlabel. Las propiedades del proyecto de mis netbeans claramente establecen testing2.hihi como mi clase principal y tengo que limpiar y compilarlo, lo que produce un archivo .jar en mi carpeta dist. Cuando hago doble clic en él, aparece el mensaje "no se pudo encontrar la clase principal. El programa se cerrará". Sin embargo, si elijo ejecutarlo desde el indicador de comando "java -jar hello2.jar", se ejecutará normalmente.

Este es el archivo de manifiesto dentro del archivo .jar.

      Manifest-Version: 1.0
Ant-Version: Apache Ant 1.8.3
Created-By: 1.7.0_04-b20 (Oracle Corporation)
Class-Path: 
X-COMMENT: src/hihi
Main-Class: testing2.hihi



package testing2;

public class hihi extends javax.swing.JFrame {

/**
 * Creates new form hihi
 */
public hihi() {
    initComponents();
}

/**
 * This method is called from within the constructor to initialize the form.
 * WARNING: Do NOT modify this code. The content of this method is always
 * regenerated by the Form Editor.
 */
@SuppressWarnings("unchecked")
// <editor-fold defaultstate="collapsed" desc="Generated Code">
private void initComponents() {

    jLabel1 = new javax.swing.JLabel();

    setDefaultCloseOperation(javax.swing.WindowConstants.EXIT_ON_CLOSE);

    jLabel1.setText("hihi");

    javax.swing.GroupLayout layout = new javax.swing.GroupLayout(getContentPane());
    getContentPane().setLayout(layout);
    layout.setHorizontalGroup(
        layout.createParallelGroup(javax.swing.GroupLayout.Alignment.LEADING)
        .addGroup(layout.createSequentialGroup()
            .addGap(50, 50, 50)
            .addComponent(jLabel1)
            .addContainerGap(334, Short.MAX_VALUE))
    );
    layout.setVerticalGroup(
        layout.createParallelGroup(javax.swing.GroupLayout.Alignment.LEADING)
        .addGroup(layout.createSequentialGroup()
            .addGap(33, 33, 33)
            .addComponent(jLabel1)
            .addContainerGap(253, Short.MAX_VALUE))
    );

    pack();
}// </editor-fold>

/**
 * @param args the command line arguments
 */
public static void main(String args[]) {
    /*
     * Set the Nimbus look and feel
     */
    //<editor-fold defaultstate="collapsed" desc=" Look and feel setting code (optional) ">
    /*
     * If Nimbus (introduced in Java SE 6) is not available, stay with the
     * default look and feel. For details see
     * http://download.oracle.com/javase/tutorial/uiswing/lookandfeel/plaf.html
     */
    try {
        for (javax.swing.UIManager.LookAndFeelInfo info : javax.swing.UIManager.getInstalledLookAndFeels()) {
            if ("Nimbus".equals(info.getName())) {
                javax.swing.UIManager.setLookAndFeel(info.getClassName());
                break;
            }
        }
    } catch (ClassNotFoundException ex) {
        java.util.logging.Logger.getLogger(hihi.class.getName()).log(java.util.logging.Level.SEVERE, null, ex);
    } catch (InstantiationException ex) {
        java.util.logging.Logger.getLogger(hihi.class.getName()).log(java.util.logging.Level.SEVERE, null, ex);
    } catch (IllegalAccessException ex) {
        java.util.logging.Logger.getLogger(hihi.class.getName()).log(java.util.logging.Level.SEVERE, null, ex);
    } catch (javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException ex) {
        java.util.logging.Logger.getLogger(hihi.class.getName()).log(java.util.logging.Level.SEVERE, null, ex);
    }
    //</editor-fold>

    /*
     * Create and display the form
     */
    java.awt.EventQueue.invokeLater(new Runnable() {

        public void run() {
            new hihi().setVisible(true);
        }
    });
}
// Variables declaration - do not modify
private javax.swing.JLabel jLabel1;
// End of variables declaration
}