Suchergebnisse für Anfrage "bioinformatics"
Überlappende numerische Bereiche werden zu fortlaufenden Bereichen zusammengeführt
Ich versuche, einen Bereich genomischer Koordinaten in kontinuierliche Bereiche zusammenzuführen, mit einer zusätzlichen Option zum Zusammenführen über Lücken hinweg. Zum Beispiel, wenn ich die Genombereiche hätte[[0, 1000], [5, 1100]] Ich ...
AWK: Zeilen extrahieren, wenn die Spalte in Datei 1 in einen Bereich fällt, der in zwei Spalten in einer anderen Datei deklariert ist
Derzeit habe ich mit einem AWK-Problem zu kämpfen, das ich noch nicht lösen konnte. Ich habe eine riesige Datei (30 GB) mit Genomdaten, die eine Liste mit Positionen (in Spalte 1 und 2 deklariert) und eine zweite Liste mit einer Reihe von ...
Automatischer Download mehrerer Dateien in R-Shiny
Ich versuche herauszufinden, wie man einen bekommtdata.frame um sich selbst zu unterteilen und dann eine CSV-Datei für jede Untergruppe zu schreiben. Ich schreibe eineshiny App, die Vorlagendateien für verschiedene Instrumente generiert, und ich ...
wie man mit matchpattern () bestimmte Aminosäuren in einer Datei mit vielen Sequenzen (.fasta) in R findet
Ich habe eine Datei (mydata.txt), die viele Exon-Sequenzen mit enthältFasta Format. Ich möchte Start ('atg') und Stop ('taa', 'tga', ...
Schnittbereiche reduzieren
Ich versuche, einen Weg zu finden, um Zeilen mit sich überschneidenden Bereichen, die durch "Start" - und "Stopp" -Spalten gekennzeichnet...
Längste wiederholte (k-mal) Teilzeichenfolge
Ich weiß, dass dies ein etwas ausgetretenes Thema ist, aber ich habe die Grenze der Hilfe erreicht, die ich aus den bereits beantworteten Fragen ziehen kann....
Pyparsing: Variable Länge, variabler Inhalt, variable Whitespace-Teilzeichenfolge extrahieren
Ich muss die Gleason-Scores aus einer einfachen Datei mit endgültigen diagnostischen Aufzeichnungen zur Prostatektomie extrahieren. Diese Partituren enthalte...
R Fehler bei der Installation des Bioconductors - Die Leitung, die mit '<DOCTYPE html PUBLI…' beginnt, ist fehlerhaft
Ich habe Probleme bei der Installation von Bioconductor-Paketen in R. Dies ist auf MacOSX, einer Neuinstallation von R 2.15, und der Verwendung von Bioconduc...