PCA-Skalierung mit ggbiplot
Ich versuche, eine Hauptkomponentenanalyse mit zu zeichnenprcomp
undggbiplot
. Ich erhalte Datenwerte außerhalb des Einheitenkreises und konnte die Daten vor dem Aufruf nicht neu skalierenprcomp
so, dass ich die Daten auf den Einheitskreis beschränken kann.
data(wine)
require(ggbiplot)
wine.pca=prcomp(wine[,1:3],scale.=TRUE)
ggbiplot(wine.pca,obs.scale = 1,
var.scale=1,groups=wine.class,ellipse=TRUE,circle=TRUE)
Ich habe versucht zu skalieren, indem ich den Mittelwert subtrahiere und durch die Standardabweichung dividiere, bevor ich aufrufeprcomp
:
wine2=wine[,1:3]
mean=apply(wine2,2,mean)
sd=apply(wine2,2,mean)
for(i in 1:ncol(wine2)){
wine2[,i]=(wine2[,i]-mean[i])/sd[i]
}
wine2.pca=prcomp(wine2,scale.=TRUE)
ggbiplot(wine2.pca,obs.scale=1,
var.scale=1,groups=wine.class,ellipse=TRUE,circle=TRUE)
ggbiplot
Paket wie folgt installiert:
require(devtools)
install_github('ggbiplot','vqv')
Ausgabe eines Codeblocks:
Per @Brian Hansons Kommentar unten füge ich ein zusätzliches Bild hinzu, das die Ausgabe widerspiegelt, die ich zu bekommen versuche.