CodeIgniter-Site im Unterverzeichnis, htaccess-Datei beeinträchtigt möglicherweise die htaccess-Datei im Hauptverzeichnis?

Wenn ich auf meiner CodeIgniter-Site (auf GoDaddy gehostet) zu einer beliebigen Seite navigiere, aber der Index gibt mir diesen Fehler:

Keine Eingabedatei angegeben.

Es scheint, als ob die Ursache etwas mit meiner .htaccess-Situation zu tun haben muss. Die Art und Weise, wie dies eingerichtet ist und sich möglicherweise irgendwann ändern kann, besteht darin, dass sich meine CI-Site in einem Unterverzeichnis der Hauptdomäne befindet. Die CI-Site und die Hauptdomäne haben jeweils ihre eigenen .htaccess-Dateien. Die CI-Htacess-Datei befindet sich im Anwendungsordner:

<IfModule mod_rewrite.c>
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /SubDomain/index.php?$1 [L]
</IfModule>

Und hier ist die Haupt-Htaccess-Datei, die zwei Ebenen über der CI-Datei liegt und folgendermaßen lautet:

RewriteEngine on
RewriteCond %{SERVER_PORT} 80
rewriterule ^(.*)$ https://www.MainDomain.org/$1 [r=301,nc]

Ich fürchte, diese beiden Regeln für das Neuschreiben stehen in Konflikt miteinander und ich habe wirklich keine Ahnung, was ich dagegen tun soll. Ich kann entweder htaccess-Datei ändern und möchte wirklich, dass sie in Frieden und Harmonie zusammenarbeiten. Es ist jedoch auch möglich, dass dies überhaupt nichts mit htaccess zu tun hat.

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