Замечания:

В зависимости от версии Bootstrap (до версии 3.3 или нет) вам может потребоваться другой ответ.

Обратите внимание на заметки.

Когда я активирую всплывающие подсказки (наведите курсор на ячейку) или всплывающие подсказки в этом коде, размер таблицы увеличивается. Как я могу избежать этого?

Здесь emptyRow - функция для генерации tr с 100

    
    
    
    
        
    #matrix td {
        width: 10px;
        height: 10px;
        border: 1px solid gray; 
        padding: 0px; 
    }
    

function emptyRow() {
        str = ''
        for (j = 0; j < 100; j++) {
            str += ''
        }
        str += ''
        return str
    }
    $(document).ready(function () {
        $("#matrix tr:last").after(emptyRow())
        $("[rel=tooltip]").tooltip();
    });
    



    
    

спасибо в совете!