На этот вопрос уже есть ответ здесь:

Я знаю, как написать многострочную команду в сценарии Bash, но как добавить комментарий для каждой строки многострочной команды?

CommandName InputFiles      \ # This is the comment for the 1st line
            --option1 arg1  \ # This is the comment for the 2nd line
            --option2 arg2    # This is the comment for the 3nd line

Но, к сожалению, комментарий после продолжения символа\ нарушит команду.