Следующее должно работать нормально.
ыполнить команду в Java с параметрами?
Process p = Runtime.getRuntime().exec(new String[]{"php","/var/www/script.php -m 2"});
Не работает
String[] options = new String[]{"option1", "option2"};
Runtime.getRuntime().exec("command", options);
Также не работает, потому что не указывает параметр "m".