Как человек, который также занимается исследованиями в области биоинформатики, я бы предложил НЕ использовать базу данных для подобных проектов-прототипов, если только вы не уверены, что это необходимо. Если вы находитесь на заборе, используйте решение без базы данных и придерживайтесь плоских файлов. Также важно отметить, что традиционно исследователи в области биоинформатики используют единый маршрут, что означает наличие четко определенных форматов файлов для большинства типов данных в поле. Если вы решите использовать решение для базы данных, это может повредить вашей совместимости с существующими исследовательскими проектами.
ы считаете, когда речь идет о небольших проектах, это точка безубыточности для хранения данных в простых текстовых файлах, хэш-таблицах и т. Д. По сравнению с использованием реальной базы данных? Для небольших проектов с простыми требованиями к управлению данными, настоящая база данных является ненужной сложностью и нарушает YAGNI. Однако в какой-то момент сложность базы данных, очевидно, того стоит. Каковы некоторые признаки того, что ваша проблема слишком сложна для простых специальных методов и нуждается в реальной базе данных?
Примечание. Для людей, привыкших к корпоративным средам, это, вероятно, звучит странно. Тем не менее, моя проблемная область - биоинформатика. Большая часть моего программирования - это прототипы, а не рабочий код. Я, прежде всего, эксперт в области, а во-вторых, программист. Большая часть моего кода ориентирована на алгоритм, а не на управление данными. Цель этого вопроса в основном состоит в том, чтобы выяснить, сколько работы я мог бы сэкономить в долгосрочной перспективе, если научусь использовать в своем коде надлежащие базы данных вместо более специальных методов, которые я обычно использую.