апустить нативные запросы монго, используя только java-mongo-драйвер.

нет Spring-Data или EclipseLink или Hibernate OGM,Только используя Java-Монго-драйвер

Пример запроса:

db.orders.aggregate([
   {
      $unwind: "$specs"
   },
   {
      $lookup:
         {
            from: "inventory",
            localField: "specs",
            foreignField: "size",
            as: "inventory_docs"
        }
   },
   {
      $match: { "inventory_docs": { $ne: [] } }
   }
])