Вы можете использовать удалить user._doc.key
ользуюМангуста Библиотека для доступа к MongoDB с помощью node.js
Есть ли способудалить ключ из документа? т.е. не просто установить значение на ноль, а удалить его?
User.findOne({}, function(err, user){
//correctly sets the key to null... but it's still present in the document
user.key_to_delete = null;
// doesn't seem to have any effect
delete user.key_to_delete;
user.save();
});