На самом деле проблема со ссылками, изменение ссылок, этот код работает просто отлично
аюсь запустить простой файл snakemake с одним правилом следующим образом:
resources_dir='resources'
rule downloadReference:
output:
fa = resources_dir+'/human_g1k_v37.fasta',
fai = resources_dir+'/human_g1k_v37.fasta.fai',
shell:
('mkdir -p '+resources_dir+'; cd '+resources_dir+'; ' +
'wget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz; gunzip human_g1k_v37.fasta.gz; ' +
'wget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.fai;')
Но я получаю ошибку как:
Error in job downloadReference while creating output files
resources/human_g1k_v37.fasta, resources/human_g1k_v37.fasta.fai.
RuleException:
CalledProcessError in line 10 of
/lustre4/home/masih/projects/NGS_pipeline/snake_test:
Command 'mkdir -p resources; cd resources; wget ftp://ftp-
trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz; gunzip human_g1k_v37.fasta.gz; wget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.fai;' returned non-zero exit status 2.
File "/lustre4/home/masih/projects/NGS_pipeline/snake_test", line 10, in __rule_downloadReference
File "/home/masih/miniconda3/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py", line 55, in run
Removing output files of failed job downloadReference since they might be corrupted:
resources/human_g1k_v37.fasta
Will exit after finishing currently running jobs.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
Я не использую опцию потоков в snakemake. Я не могу понять, как это связано с thread.py. У кого-нибудь есть опыт работы с этой ошибкой?