Со страницы руководства:

Deletes all stale tracking branches under <name>.
These stale branches have already been removed from the remote repository
referenced by <name>, but are still locally available in "remotes/<name>".

Поэтому я удалил кучу веток, используя

git push origin :staleStuff

а потом побежал

git remote prune origin

Тем не менее, только один местный филиал был сокращен. Некоторые из этих ветвей были созданы мной, некоторые сотрудниками. Означает ли это, что я не правильно отслеживал эти ветви?