Я создал скелет R пакета:

lib
 jarFileHere.jar 
R
 r_code_file.R

r_code_file.R пытается ссылаться на файл класса вjarFileHere.jar:

library("rJava")
library("rjson")

.onLoad <- function(libname, pkgname) {
  .jpackage(pkgname, lib.loc=libname)
}

.onLoad("packagename", "../lib/jarFileHere.jar")

.jnew("com/test/ClassHere", "") 

Но я получаю ошибку из-за java.lang.NoClassDefFoundError.

Я смог заставить его работать с помощью

.jinit
.jaddClassPath("../lib/jarFileHere.jar")

но в документации rJava явно сказано, что не следует использовать .jinit, потому что он не будет работать, когда код используется в качестве пакета.