Вот мой подфайл, который я использую в проекте:

source 'https://github.com/CocoaPods/Specs.git'
platform :ios, '9.0'
use_frameworks!

pod 'AFNetworking', '~> 2.0'
pod 'GoogleMaps'
pod 'MONActivityIndicatorView'
pod 'NYXImagesKit'
pod 'MagicalRecord'
pod 'FBSDKCoreKit'
pod 'FBSDKShareKit'
pod 'FBSDKLoginKit'
pod 'Countly'

Проблема в том, что cocoapods 0.39 обновляет AFNetworking до версии 2.5.4, что неправильно. Последняя версия 2.6.3. Также обновление SDK Facebook до 4.4 (последняя версия 4.8) и т. Д.

Я пытался удалить папку Pods и файл .lock, но это не помогает

Также пытался очистить кэш Cocoapods, но не помогло:

MACMINI:myproject myusername$ pod cache clean --all
MACMINI:myproject myusername$ pod update
Update all pods
Updating local specs repositories
Analyzing dependencies
Downloading dependencies
Installing AFNetworking (2.5.4)
Installing Bolts (1.2.0)
Installing Countly (15.06.01)
Installing FBSDKCoreKit (4.4.0)
Installing FBSDKLoginKit (4.4.0)
Installing FBSDKShareKit (4.4.0)
Installing GoogleMaps (1.10.1)
Installing MONActivityIndicatorView (0.0.3)
Installing MagicalRecord (2.3.0)
Installing NYXImagesKit (2.3)
Generating Pods project
Integrating client project

[!] Please close any current Xcode sessions and use `myproject.xcworkspace` for this project from now on.
Sending stats
Sending stats
Pod installation complete! There are 9 dependencies from the Podfile and 10 total pods installed.