Theano терпит неудачу из-за путаницы NumPy Fortran под Ubuntu
Я установилTheano на моей машине, но тесты носа ломаются с сообщением об ошибке, связанным с Numpy / Fortran. Для меня это выглядит так, как будто Numpy был скомпилирован с версией Fortran, отличной от Theano. Я уже переустановил теано (sudo pip uninstall theano
+ sudo pip install --upgrade --no-deps theano
) и Numpy / Scipy (apt-get install --reinstall python-numpy python-scipy
), но это не помогло.
Какие шаги вы бы порекомендовали?
Complete error message:ImportError: ('/home/Nick/.theano/compiledir_Linux-2.6.35-31-generic-x86_64-with-Ubuntu-10.10-maverick--2.6.6/tmpIhWJaI/0c99c52c82f7ddc775109a06ca04b360.so: undefined symbol: _gfortran_st_write_done'
My research:
Установка SciPy / BuildingGeneral страница оundefined symbol: _gfortran_st_write_done'
ошибка:
Если вы видите сообщение об ошибке
ImportError: /usr/lib/atlas/libblas.so.3gf: undefined symbol: _gfortran_st_write_done
при сборке SciPy это означает, что NumPy выбрал неправильный компилятор Fortran во время сборки (например, ifort).
Перекомпилируйте NumPy, используя:
python setup.py build --fcompiler=gnu95
или что подходит (см.python setup.py build --help-fcompiler
).
Но:
Nick@some-serv2:/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/numpy$ python setup.py build --help-fcompiler
This is the wrong setup.py file to run
Used software versions:
scipy 0.10.1 (scipy.test() works)
NumPy 1.6.2 (numpy.test() works)
theano 0.5.0 (several tests fails with undefined symbol: _gfortran_st_write_done'
)
python 2.6.6
Ubuntu 10.10
[UPDATE]
Таким образом, я удалил numpy и scipy из моей системы сapt-get remove
и используяfind -name XXX -delete
из того, что осталось.
Чем я установил NumPy и Scipy из источников GitHub сsudo python setpy.py install
.
После я снова вошелsudo pip uninstall theano
а такжеsudo pip install --upgrade --no-deps theano
.
Ошибка сохраняется: /
Я также попробовалapt-get source
... + apt-get build-dep ...
подход, но для моего старого Ubuntu (10.10) он устанавливает слишком старую версию numpy и scipy для theano:ValueError: numpy >= 1.4 is required (detected 1.3.0 from /usr/local/lib/python2.6/dist-packages/numpy/__init__.pyc)